湄洲妈祖祖庙始建于宋代，是世界上第一座妈祖庙，据《莆田县志》记载，林默“羽化升天”的同年，雍熙四年(987)邑人立通贤灵女庙于湄洲岛，这座通贤灵女庙即祖庙的前身。祖庙在全球46个国家和地区有近万座分灵庙，被列入全国文物重点保护单位和全国文明单位。

湄洲妈祖祖庙西轴线建筑群由大牌坊、山门、圣旨门、圣父母祠、钟鼓楼、太子殿、寝殿、朝天阁、升天楼等建筑构成，其中寝殿神龛正中奉祀的妈祖是“妈祖金身”，金身为香樟木雕软身坐像，是祖庙的传世文物，每年都有数百万虔诚的妈祖信众来此谒祖进香。

新建的南轴线庙宇群为五进式仿宋建筑群，由大牌坊、山门、钟鼓楼、天后天殿、灵慈殿、顺济殿、妈祖文化展览馆等组成，各殿堂浑然一体，其恢弘建制，令人叹为观止。南轴线建筑群内供奉有黄金妈祖、砗磲妈祖、翡翠妈祖等妈祖圣像，慕名而来的游客络绎不绝。

祖庙山顶有14米高的巨型妈祖石雕塑像，已成为湄洲岛的标志性建筑。祖庙后山新建的木栈道以其独特的观赏视角收到香客游人的一致赞誉。