媽祖因助鄭成功帶軍平臺有功，備受官兵及安平百姓尊崇，於明鄭時期建廟。廟址在鳳山縣安平鎮渡口，今石門國小校內（本遺址），占地有三、四百坪。當時是以宮廟地位受祀，香火鼎盛，距今日已閱三百多年，在臺灣為歷史最久的大座媽祖廟。光緒二十一年台灣割日時，慘遭世變，血染廟堂，以至廢墮，神像被迫分祀安平六角頭。直至公元一九六二年五月份，重建天后宮，奉請分祀之三尊媽祖入廟安座，重享安平人間香火。廟宇建醮熱鬧慶祝並繞境祈福，民眾湧現爭相參觀，為安平百年難得一見之盛事。
轶事（一）
護軍媽祖（湄洲妈祖）除了顯靈護佑鄭成功得以攻克台灣以外，尚有多項神跡，廣為地方人士所流傳。鄭成功恭請三尊媽祖護軍攻取台灣之後，本應將媽祖送回湄洲祖廟，但鄭成功到台灣只經過了一年三個月就因病去世了，送回媽祖一事就被耽擱了下來。
此後明鄭與清廷一直對峙至康熙22年公（元1683年)，鄭克塽降清，台灣重入清廷版圖，湄州祖廟借此派人前來索取媽祖神像，但為安平地方人士所拒。雙方為此發生爭議，當時湄州祖廟派人送來三尊相同的媽祖神像，要換回鄭成功請來的三尊正身媽祖，安平人為保有正身媽祖，故意出題刁難來人，要以磁碗作筊，並卜百筊以定神意，來人不查當即答應，而發生了一段頗富趣味性的神奇故事。
雙方達成協議後，湄洲祖廟代表即依約擲筊，結果來人竟連得百筊，安平人見狀乃諉稱前約只限大媽，眼睜睜的看著大媽被請下座，來人在無可奈何之下，繼續再擲筊請示二媽的去留旨意，結果亦連得百筊，直到請示三媽時，出現了奇蹟，來人在連得九十九筊之後，最後的一筊竟由地上直飛而起，插在中樑的正中央懸而不下。
擲筊事後，湄洲祖廟代表見安平信徒虔奉媽祖至誠，乃稍作讓步同意將三媽正身留在安平廟奉祀。於是大媽、二媽歸宗，湄洲另塑大媽、二媽金身，奉祀在安平廟，事情遂告解決。
轶事（二）
日據時代，日本人在安平建有卡斯特株式會社(蓖麻)，日本南化學、製鹽會社、日本海軍造船廠等軍需及經濟性工廠，並駐有八十四(曉月)部隊，經美軍多次空襲卻未曾中過一彈，炸彈大多擲落於鹽水溪北側之外海，日人傳聞曾見一古代人(指媽祖)在空中用裙擺將炸彈撥彈入外海，而當時媽祖神像亦有出汗現象，見者莫不嘖嘖稱奇。
轶事（三）
一九九零年三月二十九日，安平開臺天后宮橫遭祝融降臨，但是熊熊烈火卻止於正殿，三尊媽祖神像與其他神像竟然安然無恙，安平市民嘖嘖稱奇，咸稱媽祖靈驗保佑所致。
